机械制造工程系是由原机械制造及其自动化教研室、金属工艺学教研室、CIMS研究所、特种加工研究所四个单位组建而成。

机械制造专业是机械工程学科在1969年最早设立的本科专业；1981年机械制造及其自动化专业获硕士学位授权点；1990年机械制造及其自动化专业获博士学位授权点。1999年在机械制造及其自动化学科设置“长江学者奖励计划”特聘教授岗位。

经全系教师的共同努力，已经形成了稳定且特色鲜明的研究方向，主要包括：

（1）数控技术及数控装备；

（2）特种加工技术及装备；

（3）切削加工技术；

（4）数字化设计与制造；

（5）机械系统动力学及状态检测。

近年来机械制造工程系承担了国家重点科技攻关、国家重大科技专项、国家863、国家自然科学基金项目及省、部、市级、国防军工课题数十项，企业委托的课题经费达数千万元。获得教育部提名国家科技进步二等奖、宁夏自治区科技进步一等奖、中国机械工业科技进步二等奖、安徽省科技进步二等奖等多项奖励。出版学术专著十余部在国内外核心学术期刊上发表论文数百篇，其中有多篇被SCI、EI、ISTP等国际权威检索机构收录。

近年来机械制造工程系教学硕果累累，获安徽省教学改革成果二等奖一项；“工程训练（原金工实习）”课程被评为安徽省精品课程，该课程教学团队被评为合肥工业大学校级优秀教学团队；“机械制造技术基础” 课程被评为合肥工业大学精品课程；参编国家规划教材两部和面向二十一世纪教材两部。

全系教师积极主办或参加各种国内外学术交流活动，与美国维斯康辛大学、德国斯图加特大学ISW研究所、香港中文大学自动化与计算机辅助工程学系、台湾科技大学、台湾元智大学等保持着良好的人员与学术交流关系。

机械制造工程系教师在以下学术组织中担任重要学术兼职：

（1）安徽省数控系统开发中心：主任

（2）安徽省金工研究会：理事长、秘书长

（3）安徽省机床工具协会：副理事长

（4）中国机械工程学会特种加工分会：副秘书长

（5）电化学加工技术委员会：主任