合肥工业大学机械电子工程系成立于1983年，是国内最早从事机电一体化教学与科研的单位之一。1984年开办机械电子工程本科专业，1996年机械电子工程专业获硕士学位授权，2000年获博士学位授予权。其办学特色为“以机为主、机电结合，理论与实践紧密联系”。
目前，机械电子工程系有教师20名，其中教授9人，副教授10人。具有博士学位14人，在读博士3人。在学校和学院的大力支持下，已经建立了机电专业模块比较系统的实验条件，实验室面积约1200平方米，各种实验设备200多台套，能开出机电模块专业所要求的基础课、专业课和相关选修课的验证性实验、设计性实验和综合性实验。
近年来，机械电子工程系教师承担了国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金面上项目、国家科技攻关项目、国家教委博士点专项基金项目、安徽省优秀青年科技基金项目、安徽省自然科学基金项目、企业委托项目等40多项。目前在研项目有20多项，总经费达2800多万元。
在国内外学术期刊、重要的国际、国内学术会议上发表研究论文300多篇，其中有多篇被国际权威检索机构SCI、EI、ISTP等收录，出版学术专著10多部，申请发明专利40余项，获得软件著作产品18项。为学科的持续发展以及本科生、研究生的培养创造了良好的条件。
所承担的教学与科研项目多次获得不同部门的奖励，获省部级科技进步一等奖2项、二等奖2项、三等奖5项，获国家级优秀教学成果优秀奖和安徽省优秀教学成果一等奖各一项。
教研室教师积极参加各种学术交流，曾主办了“全国机电控制及自动化学术会议”、“全国首届绿色制造基础研究研讨会”等学术会议，多次在国内外重要学术会议上作学术报告，与美国德克萨斯工业大学，加拿大卡尔加里大学，香港城市大学，日本上智大学、东京工业大学、武藏工业大学、横槟国立大学等建立了良好的人员与 学术交流关系。
经过多年发展，本教研室在科研和教学两个方面都取得了良好的成就。已形成了多个稳定的、且有特色的研究方向，主要包括：
（1）机电产品绿色设计与制造；
（2）机器人应用技术研究；
（3）流体传动与控制。
